Una sottospecie (nota come Subspecies nella versione inglese e come Ashu in quella originale giapponese) è una forma alternativa di un mostro che solitamente presenta colori diverse dalla forma base ed è considerata più aggressiva e pericolosa. La Gilda definisce le sottospecie come esemplari mutati nel tempo per via delle condizioni ambientali o di un differente processo evolutivo. Pur essendo tutte classificate ufficialmente come sottospecie, esistono alcune eccezioni.
Pur essendo considerati sottospecie, alcuni esemplari sono membri della specie comune che hanno subito dei cambiamenti per diverse ragioni:
La Diablos nera, lo Shah Dalamadur e la Lavasioth Subspecies sono cambiamenti temporanei di esemplari comuni in fasi diverse della loro vita (la Diablos nera e la Lavasioth Subspecies sono in calore, mentre lo Shah Dalamadur ha appena fatto la muta).
Il Gravios nero è un esemplare comune la cui temperatura corporea è incrementata enormemente.
Il Khezu rosso è in realtà la specie comune, mentre gli esemplari considerati "normali" sono albini e sono considerati comuni in quanto molto più diffusi dei loro cugini.
Il Lao-Shan Lung cenere è un esemplare che ha vissuto per lungo tempo in una zona vulcanica.
Nonostante le sottospecie dalla Terza Generazione in poi si distinguano per l'utilizzo di elementi diversi e alterazioni di stato rispetto alle loro controparti comuni (eccetto alcuni strappi alla regola, come Tigrex brutale e Nargacuga verde), la stragrande maggioranza delle sottospecie delle prime due generazioni è più simile alle varianti, in quanto utilizzano una versione più potente dello stesso elemento della specie comune.
Una rara eccezione è il Blangonga rame, che attacca con la sabbia anziché con il ghiaccio.
Benché l'Espinas ardente provenga da Frontier, è stato introdotto ufficialmente in serie principale in un titolo della Quinta Generazione.
I nomi giapponesi delle sottospecie sono quasi sempre il nome normale seguito dal suffisso 亜種 (Ashu), con come uniche eccezioni i Pyrantula, il Giaorugu, l'Akura Jebia, il Doragyurosu e il Rebidiora.
I Pyrantula sono l'unica eccezione presente in serie principale, pur essendo mostri piccoli.
